ПОРОДОСПЕЦИФИЧНЫЕ ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ, МАРКИРУЮЩИЕ ПРИЗНАКИ МЯСНОЙ ПРОДУКТИВНОСТИ У КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА КАЗАХСКОЙ БЕЛОГОЛОВОЙ ПОРОДЫ

Abstract

В данной статье представлены результаты поиска и анализа породоспецифичных для казахской белоголовой породы генов-кандидатов, маркирующих признаки мясной продуктивности на основе данных ДНК-типирования животных с помощью чипа GeneSeek GGP Bovine 150K («Illumina Inc.», США). Обработку данных генотипирования для каждого SNP и каждого образца выполняли с использованием программного пакета PLINK 1.9 (http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/). Поиск уникальных областей генома проводился помощью рядов гомозиготности (ROH). Ряды гомозиготности (ROH) оценивали для каждого животного, с помощью PLINK Cattle QTL database. По геномным координатам выявленных породоспецифичных участков генома был проведен поиск QTL, заявленных для этих пород по базе данных Cattle QTL Database. Затем, в этих участках, через базу данных Ensembl.org/ были получены списки генов, локализованных в данных областях генома и некоторые их характеристики. Для характеристики генов-кандидатов использовались данные открытой международной генетической базы http://www.pantherdb.org...